1、以下所有示例作业脚本中关于 SBATCH 的选项

• supervisor，请替换为用户账号关联的付费账户名
• 其它的 SBATCH 选项请根据实际使用需要进行修改

2、在 scratch 下新建工作目录来运行程序

Monomer full_dbs 运行脚本示例

#!/bin/bash

#SBATCH --account=supervisor
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=4

module purge
module load alphafold

singularity run --nv \
    -B /scratch \
    -B /scratch/installer/alphafold/genetic_databases:/data \
    -B .:/etc \
    --pwd /app/alphafold /software/alphafold/alphafold-2.3.0.sif \
    --fasta_paths=/scratch/`whoami`/T1050/T1050.fasta \
    --output_dir=/scratch/`whoami`/T1050/T1050_output \
    --model_preset=monomer \
    --db_preset=full_dbs \
    --max_template_date=2020-05-14 \
    --use_gpu_relax=True \
    --data_dir=/data \
    --uniref90_database_path=/data/uniref90/uniref90.fasta \
    --mgnify_database_path=/data/mgnify/mgy_clusters_2022_05.fa \
    --uniref30_database_path=/data/uniref30/UniRef30_2021_03 \
    --bfd_database_path=/data/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt \
    --pdb70_database_path=/data/pdb70/pdb70 \
    --template_mmcif_dir=/data/pdb_mmcif/mmcif_files \
    --obsolete_pdbs_path=/data/pdb_mmcif/obsolete.dat

Multimer reduced_dbs 运行脚本示例

#!/bin/bash

#SBATCH --account=supervisor
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=4

module purge
module load alphafold

singularity run --nv \
    -B /scratch \
    -B /scratch/installer/alphafold/genetic_databases:/data \
    -B .:/etc \
    --pwd /app/alphafold /software/alphafold/alphafold-2.3.0.sif \
    --fasta_paths=/scratch/`whoami`/T1050/T1050.fasta \
    --output_dir=/scratch/`whoami`/T1050/T1050_output \
    --model_preset=multimer \
    --db_preset=reduced_dbs \
    --max_template_date=2020-05-14 \
    --use_gpu_relax=True \
    --data_dir=/data \
    --uniref90_database_path=/data/uniref90/uniref90.fasta \
    --mgnify_database_path=/data/mgnify/mgy_clusters_2022_05.fa \
    --pdb_seqres_database_path=/data/pdb_seqres/pdb_seqres.txt \
    --uniprot_database_path=/data/uniprot/uniprot.fasta \
    --small_bfd_database_path=/data/small_bfd/bfd-first_non_consensus_sequences.fasta \
    --template_mmcif_dir=/data/pdb_mmcif/mmcif_files \
    --obsolete_pdbs_path=/data/pdb_mmcif/obsolete.dat