以下所有示例作业脚本中

• 请根据自己的 Gromacs 模型文件名修改运行命令
• supervisor，请替换为用户账号关联的付费账户名

运行 CPU 版本 Gromacs

单节点运行作业脚本示例

#!/bin/bash

#SBATCH --partition=hpxg
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --cpus-per-task=8

module load gromacs/2025-cpu

gmx_mpi grompp -f 400K-eq.mdp -c 4-eq.gro  -p rna.top -n index.ndx -o 400K-eq.tpr
mpirun -np $SLURM_NTASKS --bind-to numa gmx_mpi mdrun -v -deffnm 400K-eq

多节点运行作业脚本示例

#!/bin/bash

#SBATCH --account=supervisor
#SBATCH --partition=hpib
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --cpus-per-task=8

module load gromacs/2025-cpu

gmx_mpi grompp -f 400K-eq.mdp -c 4-eq.gro  -p rna.top -n index.ndx -o 400K-eq.tpr
mpirun -np $SLURM_NTASKS --bind-to numa gmx_mpi mdrun -v -deffnm 400K-eq

运行 GPU 版本 Gromacs

单节点运行作业脚本示例，在 V100 分区使用 1 块 GPU

#!/bin/bash

#SBATCH --account=supervisor
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --gres=gpu:1

module load gromacs/2025-gpu

gmx_mpi grompp -f 400K-eq.mdp -c 4-eq.gro  -p rna.top -n index.ndx -o 400K-eq.tpr
gmx mdrun -nb gpu -update gpu -pme gpu -v -deffnm 400K-eq