存在问题

目前超算linux系统CentOS7.x的glibc版本为2.17，许多软件的作者经常会在glibc版本非常高的Linux系统上编译软件然后在github上发布，用户下载之后由于系统的glibc版本较低而无法运行，报如下错误（本文示例基于已安装好的Node.js 18）：
本文示例使用Node.js 18

解决方案

使用singularity容器

  1. 获取glibc版本较高的singularity镜像，如 Ubuntu，镜像拉取可参考超算用户手册-运行计算程序-运行Singularity
  2. 加载预装singularity容器加载singularity
  3. 申请所需超算资源
    #本次测试申请1节点4核资源，最长运行一小时，可根据自己情况来申请
salloc -p hpib -N 1 -n 6 -t 1:00:00

  4. 以可写的方式运行高版本GLIBC的singularity容器，并将宿主机文件与容器中文件进行绑定

     test
 #home目录默认会被绑定，此时将自己的project目录与容器中的/mnt目录进行绑定
 singularity shell --bind /project2/{自己的用户名}:/mnt  -w ubuntu.sif

 #若有需要，可以将scratch目录也进行绑定
 singularity shell --bind /project2/{自己的用户名}:/mnt --bind /scratch/{自己的用户名}:/opt -w ubuntu.sif

    绑定的目录名与自己home目录下project（scratch）的软连接指向保持一致目录名字

  5. 进入容器后创建project目录，若你绑定了scratch目录则也要创建对应的scratch目录，并创建对应软连接
     #有的账号可能是/project,请参考自己home目录下的软连接实际指向
 mkdir /project2
 ln -s /mnt /project2/xiajunjie
    容器内操作
  6. 运行node命令 运行

singularity结合脚本运行程序

  1. 将上述进入singularity容器后，所要执行的准备操作写成一个脚本

     #本示例该脚本创建在自己的project下
 #此脚本考虑了project和scratch均与容器绑定的情况，用户可根据自己的实际情况进行调整
 vim preparation.sh

 #脚本内容
 #!/bin/bash
 mkdir {/project2,/scratch}
 ln -s /mnt /project2/xiajunjie
 ln -s /opt /scratch/xiajunjie
 source ~/.bashrc
 node --version

 #保存后添加权限
 chmod +x preparation.sh

  2. 准备提交脚本submit.sbatch

    #!/bin/bash

 #SBATCH --partition=hpib
 #SBATCH --nodes=1
 #SBATCH --account=xiajunjie
 #SBATCH --cpus-per-task=4

 module load singularity/3.10
 singularity exec --bind /project2/xiajunjie:/mnt --bind /scratch/xiajunjie:/opt -w ubuntu.sif /mnt/preparation.sh
  3. 提交脚本并查看运行结果 运行结果

备注

  • 若在软件安装过程中，遇到需要高版本glibc的问题或者文件数过大问题，强烈建议自己在虚拟机上制作打包好singularity镜像，然后上传至超算使用。 具体示例可参考超算用户手册
  • 若只想使用超算singularity环境完成软件编译安装，也可以参考本文使用singularity容器的思路

results matching ""

    No results matching ""